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Una delle caratteristiche più interessanti di Borobudur è la sua base coperta (vedi).
La costruzione del monumento dovrebbe essere iniziata intorno al 778 dC, periodo della supremazia dei re Shailendra nel Sud-Est asiatico marittimo, proseguita fino a circa l'820, che dovrebbe aver segnato la fine della loro supremazia su Giava. Sembra ci siano state molte fasi di costruzione oltre al rivestimento della base che, secondo Dumarçay, avrebbe avuto luogo intorno al 792.

La base coperta è stata scoperta da IJzerman, architetto e ingegnere del Servizio Archeologico delle Indie olandesi, nel 1885. In questa sezione nascosta ci sono 160 pannelli scolpiti in bassorilievo.

Tra il 1890 e il 1891, questi pannelli sono stati scoperti, sezione per sezione, fotografati, e poi ricoperti di nuovo. Attualmente solo 2 pannelli completi e due metà, nell'angolo sud-orientale sono esposti alla vista. I rilievi, insieme alle molte iscrizioni, sono stati studiati attraverso le stampe di queste preziose fotografie.
Grazie agli sforzi di molti illustri studiosi, come Krom, Sylvain Lévi, Hikata e Fontein, è stato scoperto che le 160 scene rappresentate sono basate su un testo indiano, il cui originale è stato probabilmente scritto in sanscrito, conosciuto come il Karmavibhanga o Mahakarmavibhanga.
Molte versioni in sanscrito, pali, cinese, tibetano e alcune lingue dell'Asia centrale sono ormai note. Si differenziano per alcuni dettagli l'una dall'altra, anche se le storie sono essenzialmente le stesse. Il tema principale è l'esegesi della legge buddista di causa ed effetto.

Perché i rilievi siano stati coperti rimane un mistero. Ci sono varie teorie, che variano dalle ragioni costruttive (la base coperta ha creato un sostegno più forte) a quelle iconografiche (la vista della rappresentazione non doveva essere possibile).
Le foto di Kasian Cefa, del 1890, costituiscono la base per questa pubblicazione. Il Museo Nazionale delle Antichità le ha donate al Museo di Etnologia nel 1903.

Il tema principale dei rilievi si concentra su ricompensa e punizione. Oltre ad immagini del cielo e dell'inferno, ci sono scene di vita quotidiana, dei successi mondani e dei drammi umani, cose buone e cattive interconnesse con i fatti del passato che determinano ricompensa o punizione per il futuro.

Allo stesso tempo, i rilievi presentano un quadro della vita quotidiana a Giava, tra la fine dell'ottavo e l'inizio del nono secolo.