Qui e' ritratto mentre effettua un attacco a sorpresa caricando da una montagna ripidissima. Fu il nono e ultimo figlio di Minamoto no Yoshitomo, capo del clan Minamoto. Poco dopo la sua nascita scoppio' la ribellione di Heiji, nella quale suo padre e i suoi due fratelli piu' grandi persero la vita, mentre suo fratello Yoritomo, ormai erede designato del clan, fu esiliato nella provincia di Izu. Yoshitsune fu affidato al tempio di Kurama, sulle montagne di Hiei vicino Kyōto, e infine preso in custodia da Fujiwara no Hidehira, capo del potente ramo settentrionale del clan Fujiwara (Fujiwara del Nord), portato a Hiraizumi, nella provincia di Mutsu.
Nel 1180 Yoshitsune venne a conoscenza del fatto che suo fratello Yoritomo, ora capo del clan, su richiesta del principe Mochihito aveva raccolto le armate dei Minamoto per affrontare quelle del clan Taira, in quella che divenne nota come guerra di Genpei. Yoshitsune, insieme agli altri suoi fratelli che non aveva mai incontrato prima, tra cui Noriyori, prese parte al conflitto. Nella battaglia di Awazu nella provincia di Omi, all'inizio del 1184, sconfisse e uccise suo cugino Yoshinaka, rivale di Yoritomo per il posto di capo clan; un mese dopo, nella battaglia di Ichi-no-Tani, nell'odierna Kōbe, sconfisse i Taira, e ripete' l'impresa nel 1185 nelle battaglie di Yashima, sull'isola di Shikoku, e Dan-no-ura, nell'odierna prefettura di Yamaguchi.
Dopo la guerra di Genpei, Yoshitsune raccolse l'appello dell'Imperatore e prese le armi contro suo fratello Yoritomo: sconfitto, dovette tornare a chiedere l'aiuto di Fujiwara no Hidehira. Nella provincia di Mutsu, Yoshitsune fu tradito dal figlio di Hidehira, Yasuhira, e costretto a compiere il seppuku insieme a moglie e figlia. Dopo la sua morte Go-Shirakawa e Yoritomo si riconciliarono, e Yoritomo ricevette il titolo di shōgun fondando lo shogunato di Kamakura.
Venne sepolto nel tempio shintoista di Shirahata Jinja a Fujisawa, dove la sua salma e' custodita tuttora.